1939年3月14日，西安遭到一次严重的轰炸。《中央日报》写道：“中国的新工业合作社，是在极其分散的原则上建立起来的，显示出面对不断空袭，仍能继续开工的能力，而一些大工厂却无能为力。”遭轰炸后，一个制鞋合作社抢救出了它的设备和材料,没有人员伤亡。就在几天前，一颗炸弹正好落在中国工合办公室外面,造成一个中国工合工人头脑受伤外，没有人员死亡。然而，在西安，有九个或者十个合作社一直在开工，有空袭警报时，就出来躲避。

在大城市的工合工厂，由于从空中难以区分,虽然他们在日本人不断进行的可怕空袭中也遭受损失，但损失非常小。在重庆，日本人几乎搞到了1939年7月参加会议的全部中国工合成员名单。7月24日，一颗炸弹在中国工合办公室爆炸时，刘氏几乎被炸死，而其他参加会议的成员刚刚离开。艾黎报告说：“刘本人失去了一只胳膊，王工程师可能死了，其他几个工人受了伤。”兰州的中国工合办公室，在1939年12月的一次轰炸中，差不多几乎毁灭了。空袭持续了几天，这个城市大部分被摧毁了。可是，中国工合报导,所有的合作社，到12月15日都已搬出了市区。轰炸后，发出的一份电报说：“三个合作社毁掉了，没有人员伤亡。”一封12月31日的信中说:“当然，我们最近感到非常激动。三个早晨空袭，每次约一百架轰炸机，这是战斗中所见到的对一个城市最集中的轰炸。幸好，除了几个协会有轻微的破坏外，中国工合没有遭到轰炸。截止现在，我们一切正常，像往常一样运转，但没人知道明天会怎么样。”那时，兰州的二十个合作社正在生产每月价值二十五万元的货物。

兰州附近的一个补给站不得不撤离，当时艾黎在那里正患伤寒。然而，在十五个月期间，东南总部只遭到一次袭击。一枚炸弹炸开中国工合的一个大门，炸死了三个工作人员。中国工合最大的损失，是湖南的弗兰克•莱姆的大火柴厂遭受的轰炸——这是中国工合建立大工厂的唯一的一次尝试。由于战争逼近，湖南的部分合作社不得不撤离。四川的万县也不得不于1940年6月撤离。

农村的工合工厂，迄今为止，在空袭中遭受的伤亡损失实际上并不十分严重，只是1939年8月19日，四川有价值几千元的羊毛被烧毁。虽然大部分合作社离战区都不远，并处在重轰炸的有效半径之内，但工业合作社在两年的发展中，除了火柴厂(该厂现在又开始生产了），因轰炸和战争紧急状态，在财产方面的损失不超过两万五千元。这里涉及的财产损失，不包括撤离江西的一个补给站、湖南的几个补给站和四川万县的一个补给站的花费。然而，对于工人们通常能背起来拿走的，或能用手推车推走的轻机械来说，这种花费就非常小。到目前，中国工合工人被炸死或炸伤的人数接近二十个，其中有一个名叫伊泽操(音译），浙江温州补给站站长。

有一个例子说明了，中国工合如何在空袭中能够站得住脚。这件事发生在遭到断断续续轰炸的西北总部城，在九个月中，那里只遭到非常小的破坏，甚至在妇女儿童中，士气都没有受到影响。艾尔文•霍格这样讲述1939年的第一次空袭。

“10月31日，中国工合西北总部城遭到重轰炸。我们中的一些人在外面散步，隔着河我们看见九架银色的飞机飞越蓝天。我们看见炸弹扔下去的地方冲上来的黄土烟尘，十秒钟后，听到令人厌恶的重击声和撞击爆裂声。我们面朝下躺在这个城市外面的尘土上，希望那天不要有机关枪的声音。

“飞机走了后，不等警报解除，我们就跑回城市帮助抢救一切我们能够抢救的东西。大街上，我们中国工合的商店在燃烧。一颗燃烧弹落到商店的背面，五十多个合作社社员，带着水桶、脸盆、棍棒和笤帚与大火博斗。地区首长于氏和供销部的总会计师何氏指挥着这一群“泼水者”、打火手、撒沙者。不到三十分钟,火灭了。这是一场合作灭火战斗！

“一个小时之内，一切值得抢救的东西都用中国工合的卡车和手推车运到我们的窑洞仓库。几乎所有商店工人的个人财物，都被烧焦在商店后面他们的宿舍里。中国工合的纯损失是二千元，个人损失三千元多一点。

“轰炸过后，商店主任何先生立刻成功地重新组织了工作，所以就在第二天，从仓库外面的临时办公室发出“照常营业”的通知。几天以后，他召开了一次社员会议。他指出：——中国工合的所有产品都在我们商店出售，所有的合作社都依靠我们来维持他们原材料的供应。由于这些原因，我们的商店的工作特殊而又极为重要。我们有理由说，供销部是整个中国工合的左右手。

“‘但是，我们商店总部遭到的轰炸，没有我们想象的那么严重，这当然是再好不过的了。既然敌人轰炸了，这种轰炸也会给我们带来了一些好处。轰炸是一个很好的免费广告，其结果是，我们中国工合的产品销售量将毫无疑问增加。我们的办公室确实太小，不能满足我们事业发展的需要，这次轰炸，给我们减少了麻烦，省得我们把这座旧的建筑推倒。我们合作社工人的士气增强了；尽管我们个人有损失，但我们比以前任何时候工作地都好，都努力。这就是从轰炸中，我们也得到了东西。’

在空袭中，中国工合遭受伤亡损失的并不只是这个商店。东门外的铁匠合作社也受到轰炸。那里有十个人住在一个小木棚屋里，他们的车间在前面。几个月来，他们一直在积攒足够的钱，以保证弄到好一点的住处，把他们的家属从洛阳带来。炸弹恰恰落在路的另一边，在几分钟内，就毁掉了他们价值一百元的财产。

“十月三十一日的轰炸，引起了对合作社互助和安全保险重要性的一致重视。在一位中国的一个老合作社员，泰勒教授的帮助下，西北总部现在正在为社员互助协会制定计划，该互助协会将在社员生病、结婚、死亡方面提供帮助。一个协会作出计划，它将给合作社单位的防火、防盗、防轰炸提供保险。大部分的合作社都是很谨慎地建在防空袭的窑洞里；但总部认为主要要防止灾难单独降临到一部分社员身上，特别是由于中国工合某些分部的工作需要，必须设置在易受轰炸的商业中心。人们建议，设置一种专门基金，对那些因轰炸或其它灾难而受到破坏的团体给予帮助。

“不管计划的结果如何，中心问题都是清楚的。社员们说,“如果我们遭到一次轰炸，我们将重建一次。如果我们遭到十次轰炸，我们将重建十次。”铁匠合作社的前墙被炸倒的几个小时后，合作社的社员们就在重建他们的车间。供销合作社在一个更为繁华的地方找到了新的办公室；在这里，它希望把它目前的日营业额二千元翻一番。”

即使日本人单单一次就能把所有工业合作社直接摧毁，包括他们的银行账户，损失仅仅六百万元。同时，中国工合已经生产出了价值四千万的物资。仅仅远征，就使日本花费这些钱的数百倍。

日本似乎下了决心，要消灭所有工厂和中国人的基地，甚至不惜冒彻底破产的危险。1940年6月16日对重庆的重轰炸期间，四批轰炸机在几分钟内投下八百枚炸弹，炸坏了三千座房子，包括政府的新楼房。没有报导多少工业遭到破坏，但是在六月，七月轰炸期间，损失据说是“几百万”。中国工合损失很小，而且以前在各省免遭轰炸的记录，在那些坚持认为大工厂能在城市里继续办下去的人们中间，获得了许多面子。日本人故意等待着，直到数百万元花在了建设这些工厂时，才选好了时机，抱着导致中国人资金上损失最大，士气上打击最甚的希望，开始了轰炸。